アマゾン流域の奥深いジャングル。侵略者によって滅ぼされた先住民族の村、唯一の生き残りとして他者と交わることなく孤独に生きているカラマカテ。ある日、不思議な呪術をあやつる彼を頼り、重篤な病に侵されたドイツ人民族学者がやってくる。白人を忌み嫌うカラマカテは一度は治療を拒否するが病を治す唯一の手段となる幻の聖なる植物ヤクルナを求めて、カヌーを漕ぎ出す。数十年後、孤独によって記憶や感情を失ったカラマカテは、ヤクルナを求めるアメリカ人植物学者との出会いによって再び旅に出る。過去と現在、二つの時が交錯する中で、カラマカテたちは、狂気、幻影、混沌が蔓延するアマゾンの深部を遡上する。彼らが向かう闇の奥にあるものとは…。